El Molino del Capitán Malla debe su nombre  a Roque Malla, vecino de Madrid, quien era su propietario a mediados del siglo XVIII.

También conocido en esa época como “So el Puente”, contaba con dos ruedas y formaba parte de un extenso conjunto de molinos que aprovechaban las aguas del río Pisuerga para la molienda del cereal.

En Aguilar, hasta el siglo XIX, se contó con siete de estos molinos. Cuatro pertenecieron al monasterio de Santa María la Real (los denominados de la Parrilla, de San Martín y los dos de Congosto), uno al ayuntamiento de la villa (Turruntero), otro al ya mencionado Roque Malla y sus descendientes y el cuarto a los marqueses de Aguilar.

Este último, en 1797, fue entregado en foro perpetúo por dichos marqueses a su administrador, Joaquín Díaz de Lavandero quien, junto a Rubín de Celis, lo reformó y convirtió en fábrica de harinas, una de las primeras que se puso en funcionamiento en la Corona de Castilla. En 1814 recibió el título de Real Fábrica de las Harineras Castellanas.

En 1814 recibió el título de Real Fábrica de las Harineras Castellanas.