La iglesia de Santa Cecilia, declarada Monumento Artístico el 9 de octubre de 1963, está ubicada a los pies del castillo de Aguilar, siendo el templo de referencia de la primitiva puebla y la iglesia más antigua de la villa. Su función parroquial terminó en 1541 cuando quedó suprimida y anexada a la recién erigida colegiata de San Miguel.

La fase constructiva más antigua data del siglo XII, aunque de ella solo se conserva la torre y el presbiterio del ábside central. La mayor parte del templo se corresponde con un segundo periodo en el que se buscaba la ampliación del templo –pasando de una a tres naves separadas por arquerías apuntadas- y que tuvo lugar en el siglo XIII, la misma época en la que está datada la portada. El ábside cuadrangular, en cambio, es postmedieval, al tener que sustituir el original, que era semicircular románico, por otro fechado en torno a los siglos XVI-XVII.

El elemento más llamativo de la iglesia es su torre-campanario de planta cuadrada, dividida en tres cuerpos de los que el segundo posee ventanas de medio punto y el tercero cuenta con vanos divididos por ajimeces de doble columna.

La riqueza decorativa de este templo radica en sus capiteles, en especial los de la torre y el interior, donde se alterna la decoración vegetal con la geométrica y la figurada. Entre ellos destacan “El Sacrificio de Isaac”, “La venta de José”, “La lucha de guerreros” y otro que representa a un animal diabólico acosando a un personaje recostado, guerreros en fila y la lucha de un guerrero contra una fiera. No obstante, las piezas de mayor calidad se encuentran en el arco triunfal, donde se hallan enfrentados un capitel con motivos vegetales –sin duda influenciado por la tradición de San Andrés de Arroyo- y la obra cumbre del templo, el capitel de “La Matanza de los Inocentes”, uno de los mejores ejemplos del tardorrománico palentino. En él aparece el rey Herodes ordenando a sus soldados –cubiertos por cotas de malla medievales- la degollación de los inocentes. En segundo plano se encuentran las madres llorando y lamentando el destino de sus hijos.